用人单位以不签保密协议为由拒发工资，是否合法？

不合法。用人单位不得因未签保密协议而拒发工资。《劳动法》规定，工资应按时足额支付，不得无故拖欠。若用人单位以此为由拒发工资，将损害劳动者合法权益，可能导致劳动者生活困难及法律关系紧张。
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不合法。处理方式：1.与用人单位协商，明确表达工资支付与保密协议无直接关联；2.若协商无果，准备相关证据，如工资条、工作记录等，向劳动仲裁委员会提起仲裁；3.对仲裁结果不满，可进一步向法院提起诉讼，维护自身权益；4.同时，可向劳动监察大队投诉，请求其介入调查并责令用人单位改正。
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常见处理方式有协商、劳动仲裁、诉讼和投诉。应先尝试与用人单位协商；协商无果则考虑劳动仲裁，对仲裁结果不服可再提起诉讼；同时也可向劳动监察机构投诉，由其介入处理。